TCGA数据挖掘

TCGA数据库简介

TCGA,The Cancer Genome Atlas Program,癌症基因组图谱计划,该数据库收录了超过20000例患者,33类癌症的大量数据,主要包括:
1,临床数据。患者的一般信息,TNM分期,生存等
2,mRNA表达谱
3,miRNA表达谱
4,拷贝数变化
5,突变
6,蛋白质谱
7,甲基化

TCGA挖掘常见套路

针对TCGA数据库中的大量数据及相关的二次数据库,我们可以对肿瘤数据进行挖掘:
1,差异表达分析
2,生存分析
3,肿瘤分期分析
4,免疫浸润
5,泛癌分析
6,预后模型

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