注意:作图前请务必查看右侧示例数据格式,输入数据格式必需与示例数据格式一致,制表符分割,否则做不了!
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条目排序 注意:p值是-log10转化的,故顺序自己确定下
第2列,大->小 第2列,小->大
第3列,大->小 第3列,小->大
第4列,大->小 第4列,小->大
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GO,Pathway富集结果气泡图


简介:
利用气泡图,将富集结果的p值以颜色表示,基因数用气泡大小表示。如何获得该数据,可以使用在线工具metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图
数据说明:
数据包括4列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是富集倍数(X轴显示内容,若没有这个数据,可以用其他值代替,例如gene ratio等,都没有的话,1,用-log10(pvalue)代替这一列;2,用count代替这一列),第三列是p值(或者fdr也可以,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小)
生物医学常见应用:
GO、Pathway富集分析结果气泡图展示。例子:Gene expression profiling and functional analysis reveals that p53 pathway-related gene expression is highly activated in cancer cells treated by cold atmospheric plasma-activated medium Fig 4

输入
pathway	enrichment	pvalue	count
RNA transport	4.807258641	1.55862E-05	15
Epstein-Barr virus infection	4.569261748	2.69611E-05	16
HTLV-I infection	3.814616521	0.000153244	17
Tuberculosis	3.454180941	0.000351414	13
MAPK signaling pathway	3.378131581	0.000418667	16
Neurotrophin signaling pathway	3.212102971	0.000613617	10
Long-term potentiation	3.000035266	0.000999919	7
Dopaminergic synapse	2.967026455	0.001078881	10
Endocytosis	2.841316731	0.001441064	15
Herpes simplex infection	2.775219173	0.001677957	12
输出

常见问题
  • 1,不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 2,导出图片?
  • 低分辨率:QQ截图,日常使用
    矢量图:在生成的图上点击鼠标右键,在弹出的窗口中选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器导出图片
  • 3,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 4,如何引用,how to cite?
  • 本站主要以matplotlib和各种R包绘图,由于本站内容未公开发表paper,如需引用,可使用如下格式:
    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.