用前必读
1,使用输入检查工具(windows版)检查输入数据。使用视频教程
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后拷贝、粘贴到输入框
3,请勿使用特殊符号,例如#,<,>,%,(,),非英文字符等。默认仅支持英文字符(部分模块除外)
4,使用SVG编辑器或AI,inkscape修改文字、字体,图例,处理截断等,参考inkscape实操
5,生信分析项目合作请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  气泡图绘制视频教程  文字教程

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-log10(pvalue)值小/pvalue值大的颜色:
-log10(pvalue)值大/pvalue值小的颜色:


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GO,Pathway富集结果气泡图

简介
利用气泡图,将富集结果的p值以颜色表示,基因数用气泡大小表示。如何获得该数据,可以使用在线工具metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图。调用ggplot2 R包
数据说明
1)输入数据为4列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是X轴显示内容,例如gene ratio等,第三列是p值(或者fdr,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小)
2)输入数据为5列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是X轴显示内容,例如gene ratio等,第三列是p值(或者fdr,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小),第5列为可选列,为分类信息,例如BP,CC,MF等。若数据包含第5列,则根据第5列进行分面绘图:即同组的绘制在一起
注意:1,输入可以是4列或5列。有第5列则出分面图。
2,generatio没有的话,可以用fold enrichment等有意义的值代替
3,p列不能为0或者负,若无颜色,使用p值转化,将log(p)转成p后,重新画图
4,若无点,请调大图片宽度
论文例子
Honghua extract mediated potent inhibition of COVID-19 host cell pathways
论文写作
Dot plot of the KEGG pathway enrichment analysis. The horizontal axis represents the gene ratio, while the vertical axis represents the enriched pathway name. The color scale indicates different thresholds of the p-value, and the size of the dot indicates the number of genes corresponding to each pathway.
输入 示例数据
输出

1)如何作图?
1,数据放在excel里边,2,将自己的数据调整为示例样式;3,拷贝数据,粘贴到输入框;4,使用“输入检查”按钮检查输入,5,检查通过后选择参数,提交出图
2)如何引用?
建议直接写网址。3600+篇google学术,2800+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 May 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.
3)交流群/公众号