GO,Pathway富集结果气泡图
简介:
利用气泡图,将富集结果的p值以颜色表示,基因数用气泡大小表示。如何获得该数据,可以使用在线工具
metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图
数据说明:
输入数据为4列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是富集倍数(X轴显示内容,若没有这个数据,可以用其他值代替,例如gene ratio等,都没有的话,1,用-log10(pvalue)代替这一列;2,用count代替这一列),第三列是p值(或者fdr也可以,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小)
输入数据为5列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是富集倍数(X轴显示内容,若没有这个数据,可以用其他值代替,例如gene ratio等,都没有的话,1,用-log10(pvalue)代替这一列;2,用count代替这一列),第三列是p值(或者fdr也可以,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小),第5列为可选列,为分类信息,例如BP,CC,MF等。若数据包含第5列,则根据第5列进行分面绘图:即同组的绘制在一起(字母顺序)
注意:1,输入可以是4列或5列。第5列可选,有则出分面图。
2,enrichment即-log10(p),也可以用generatio等代替;
3,若无颜色,请将log(p)转成p,用excel的power命令=power(10,x)转化,或者
p值转化,将log(p)转成p后,重新画图
4,若无点,请调大图片宽度
生物医学常见应用:
GO、Pathway富集分析结果气泡图展示。例子:
Gene expression profiling and functional analysis reveals that p53 pathway-related gene expression is highly activated in cancer cells treated by cold atmospheric plasma-activated medium Fig 4
1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据
3)如何引用?
439篇文章引用微生信(Google Scholar)。请引用原生R包,Python包等,或使用如下格式:
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn, a free online platform for data analysis and visualization.
4)其他常见问题