用前必读
1,输入数据格式(标题、行、列)必需与示例一致,请仔细看右侧说明和示例,标题不能缺,不能有中文,特殊符号等
2,推荐使用excel调整数据(wps不行),然后拷贝粘贴到输入框
3,修改文字字体,图例位置,处理文字截断等图片编辑,请参考inkscape实操
4,其他问题,请左侧扫码,关注”微生信“公众号或加群讨论!
注意:1,不要用微信打开,用浏览器,用浏览器,用浏览器,推荐chrome!
2,没有预览就是作图失败,请检查输入数据格式!
3,客服很忙,请先仔细阅读页面上说明,确实有问题再咨询!
必需输入
绘图数据(表头不能有特殊符号,首列不要有重复):


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图例标题文字:
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轴说明:

文字说明
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Y轴说明:
颜色说明:
点大小说明:

颜色
低颜色:
高颜色:

条目排序 注意:p值是-log10转化的,故顺序自己确定下





如有问题,请参考:气泡图推文

GO,Pathway富集结果气泡图


简介:
利用气泡图,将富集结果的p值以颜色表示,基因数用气泡大小表示。如何获得该数据,可以使用在线工具metascape提交基因,计算富集,得到结果后进行绘图
数据说明:
输入数据为4列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是富集倍数(X轴显示内容,若没有这个数据,可以用其他值代替,例如gene ratio等,都没有的话,1,用-log10(pvalue)代替这一列;2,用count代替这一列),第三列是p值(或者fdr也可以,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小)
输入数据为5列,第一列是富集的名字(Y轴显示内容),第二列是富集倍数(X轴显示内容,若没有这个数据,可以用其他值代替,例如gene ratio等,都没有的话,1,用-log10(pvalue)代替这一列;2,用count代替这一列),第三列是p值(或者fdr也可以,即图中的颜色,根据p值变化),第四列是基因数(气泡大小),第5列为可选列,为分类信息,例如BP,CC,MF等。若数据包含第5列,则根据第5列进行分面绘图:即同组的绘制在一起(字母顺序)
注意:1,输入可以是4列或5列。第5列可选,有则出分面图。
2,enrichment即-log10(p),也可以用generatio等代替;
3,若无颜色,请将log(p)转成p,用excel的power命令=power(10,x)转化,或者p值转化,将log(p)转成p后,重新画图
4,若无点,请调大图片宽度
生物医学常见应用:
GO、Pathway富集分析结果气泡图展示。例子:Gene expression profiling and functional analysis reveals that p53 pathway-related gene expression is highly activated in cancer cells treated by cold atmospheric plasma-activated medium Fig 4

输入 示例数据
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图

2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据

3)如何引用?
439篇文章引用微生信(Google Scholar)。请引用原生R包,Python包等,或使用如下格式:
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn, a free online platform for data analysis and visualization.

4)其他常见问题