组学联合分析四象限图
简介
两种组学,例如相同的样品既做了mRNA-seq,又做了merip-seq,可以进行关联分析,绘制四象限图,以方便筛选基因。其中第1象限(左上)表示up-up,第2象限表示up-down;第3象限表示down-up;第4象限表示down-down。同时可以标注感兴趣的基因点。
数据说明
必需输入包括5列:第1列是基因名(或者其他唯一id);第2列是组学1(例如m6A)的倍数变化,第3列是组学1的p值;第4列是组学2的倍数变化,第5列是组学2的p值。根据log2fc和p值将数据分成4个象限,其中显著差异的点用不同的颜色表示,不显著的点用灰色表示。
可选输入是待标注的基因名,一行一个,来自数据的第一列
论文例子
Comprehensive Analysis of the Transcriptome-Wide m6A Methylome in Endometrioid Ovarian Cancer. fig2B
如何引用?
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知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 30 Aug 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.