用前必读
1,输入数据格式(标题、行、列)必需与示例一致,请仔细看右侧说明和示例,标能缺,不能有中文,特殊符号等
2,推荐使用excel存储并调整数据(wps不行),然后粘贴到输入框
3,修改文字、字体,图例位置,处理文字截断等图片编辑,请参考inkscape实操
4,更多干货,请右下扫码,关注”微生信“公众号或加群讨论!
注意:1,不要用微信打开,用浏览器,推荐edge或chrome!
2,分析、作图失败,请对照示例检查输入数据格式!
3,智能客服  人工客服  基因名转换  svg编辑器  FC,P转换  常用配色  影响因子  输入检查

注意:比较耗资源,请勿大量提交
必需输入
输入基因列表(第一列必需是gene symbol,第二列为logfc
若没有logfc列,程序将自动添加1(上调)或-1(下调),用于pathway上色:
最多提交3000个基因,超过3000个取前3000个,不带header


选择物种









注 :由于该模块很耗费计算资源,仅非工作时间(北京时间22:00-8:00)免费!
此图将消耗 4 微币

go,pathway在线分析

简介
本模块整合了clusterProfiler,pathview等R包。源码见各自官网!
数据说明:
输入基因列表第一列是基因symbol,第二列为logfc,上调为正值,下调为负值。若没有logfc列,程序将自动添加1(上调)和-1(下调),用于pathway上色。
参考文献
Guangchuang Yu, Li-Gen Wang, Yanyan Han, Qing-Yu He. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287.
Luo W, Brouwer C. Pathview: an R/Biocondutor package for pathway-based data integration and visualization. Bioinformatics, 2013, 29(14):1830-1831, doi: 10.1093/bioinformatics/btt285

输入 示例数据
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图

2)为什么不出图?
程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据

3)如何引用?
800+篇google学术,700+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 31 Oct 2022), an online platform for data analysis and visualization.

4)交流群/公众号