注意:作图前请务必查看右侧示例数据格式,输入数据格式必需与示例数据格式一致,制表符分割,否则做不了!
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SNP连锁不平衡图(LD heatmap)

简介
理解SNPs间的连锁不平衡(LD)模式对于单体型的选择具有重要作用。
数据说明:
数据为矩阵形式,第一行为SNP的物理位置,第二列为SNP名字,其他为基因型,没有的用NA表示
生物医学常见应用举例Association mapping of resistance to rice blast in upland field conditions Fig 3
输入 示例数据
输出

常见问题
  • 1,如何作图?
  • 1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整;3,将excel调整后的数据(格式与示例一致)粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
  • 2,为什么不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 3,导出图片?
  • 低分辨率:QQ截图,日常使用
    矢量图:在生成的图上点击鼠标右键,在弹出的窗口中选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器导出图片
  • 4,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 5,如何引用,how to cite?
  • 本站主要以matplotlib和各种R包绘图,由于本站内容未公开发表paper,如需引用,可使用如下格式:
    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.