注意:作图前请务必查看右侧示例数据格式,输入数据格式必需与示例数据格式一致,制表符分割,否则做不了!
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row col row+col none

3)请选择聚类方向
row col row+col none

4)请选择聚类方法
complete ward ward.D ward.D2 single average mcquitty median centroid
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yes no
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聚类图,热图


简介:
利用颜色表示表达值(原始或标准化),并使用距离矩阵进行聚类。
数据说明:
第一行为group名字,第二行为样品名字,其余为数据(其中第一列是基因名)
注意:1,若基因有重名的,取均值;样品也不能有重名的。2,制表符分隔,可以在excel中做转化(例如log2等,这里默认数据已经处理好),然后贴过来。
变种:若数据仅0,1,那么可以选择前后两种颜色展示(例如黑白),若数据仅三种(例如-1,0,1),则可以选3种颜色展示。
生物医学常见应用:
基因表达聚类图。例子:Integrated network analysis to explore the key genes regulated by parathyroid hormone receptor 1 in osteosarcoma Fig 1.
输入
group	A	A	A	B	B	B
sample	A-1	A-2	A-3	B-1	B-2	B-3
gene1	5.70	11.70	9.90	5.70	4.50	3.20
gene2	9.43	10.67	9.39	3.40	2.50	2.30
gene3	10.59	9.89	8.50	4.20	5.75	2.50
gene4	10.38	10.20	8.50	5.10	2.80	2.40
gene5	5.75	10.85	10.90	3.90	4.20	2.80
gene6	9.82	10.45	8.50	2.50	3.40	3.50
gene7	8.90	11.02	10.33	5.75	2.40	5.75
gene8	10.59	10.67	9.94	6.55	5.75	5.55
gene9	2.50	5.20	3.50	9.21	9.76	11.47
gene10	3.50	4.20	2.50	9.21	11.78	5.75
gene11	4.50	3.20	2.70	9.89	10.72	8.81
gene12	3.50	2.20	1.90	10.85	9.76	9.73
gene13	3.50	4.20	3.50	11.33	9.76	10.49
gene14	5.10	1.20	5.75	11.22	9.76	8.81
输出

常见问题
  • 1,不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 2,导出图片?
  • 低分辨率:QQ截图,日常使用
    矢量图:在生成的图上点击鼠标右键,在弹出的窗口中选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器导出图片
  • 3,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 4,如何引用,how to cite?
  • 本站主要以matplotlib和各种R包绘图,由于本站内容未公开发表paper,如需引用,可使用如下格式:
    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.