用前必读
1,使用输入检查工具检查输入数据,默认仅支持英文字符(部分模块除外)
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后再粘贴到输入框
3,使用SVG图片编辑器修改文字、字体,图例位置,处理文字截断等,参考inkscape实操
4,生信分析项目合作
5,更多干货,页面右下扫描,关注”微生信“公众号或加群讨论!

人工客服  基因名转换  FC,P转换  常用配色  影响因子 新需求及bug提交

必需输入  聚类热图视频教程   文字教程
请勿上传超过5000行的矩阵
数据较少(直接拷贝数据并粘贴到输入框):

数据较多(上传tab分割的txt文件,文件名用英文)


可选输入:
图片大小
图像宽:;图片高:

字体大小
行(基因名)字体大小:
列(样品名)字体大小:

颜色
低颜色:
中间颜色:
高颜色:
颜色个数(越大越平滑):

scale方向(z-score转化)


要显示的名字


聚类方向


聚类方法



距离方法



回调函数 注:新版与标注某几个基因模块一致


显示网格线(默认不显示;显示的话,默认灰色)


是否去除表达值完全一样的行(默认去除)


colorbar颜色范围(不填则默认)
从小到大写,英文逗号分隔,例如-2,-1,0,1,2


字体


聚类图,热图

简介
利用颜色表示表达值(原始或标准化),并使用距离矩阵进行聚类。调用pheatmap R包
数据说明
第一行为group名字,第二行为样品名字,其余为数据(其中第一列是基因名)
注意:1,若基因有重名的,取均值;样品也不能有重名的。2,制表符分隔,可以在excel中做转化(例如log2等,这里默认数据已经处理好),然后贴过来。
变种:若数据仅0,1,那么可以选择前后两种颜色展示(例如黑白),若数据仅三种(例如-1,0,1),则可以选3种颜色展示。
论文例子
Integrated network analysis to explore the key genes regulated by parathyroid hormone receptor 1 in osteosarcoma Fig 1.
输入 示例数据
输出

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
对输入数据格式有严格要求。请观看输入框上面的视频介绍,并仔细阅读右侧说明,示例数据。
3)如何引用?
1500+篇google学术,1000+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Method: Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Jul 2023), an online platform for data analysis and visualization.
Acknowledgement: We thank Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd. (https://www.bioinformatics.com.cn, last accessed on 10 Jul 2023) for providing data analysis and visualization support.