注意:作图前请务必查看右侧示例数据格式,输入数据格式必需与示例数据格式一致,制表符分割,否则做不了!

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lollipop mutation diagram


简介
使用UniProt和Pfam API自动翻译Gene Symbols,寻找domain/motif特征,并添加突变信息(若有)。目前仅支持点突变。
数据说明
完整数据包括5列,第一列是基因名(必需是HGNC数据库中的名字,整列是一样的,例如TP53)或UniProt ID(例如P04637);第二列是突变的位置(整数);第三列是ref氨基酸(单字母);第四列是突变氨基酸(单字母,可没有?);第五列是点大小(整数,数值越大,点越大)。实际数据可以仅包含第一列;仅包含第1,2,3,4列;或者全部5列。使用系统默认颜色
生物医学常见应用举例
蛋白质突变位点绘制。参考:Lollipops in the Clinic: Information Dense Mutation Plots for Precision Medicine Fig 1.
输入
gene	pos	ref	mutation	size
TP53	125	T		5
TP53	175	R	H	5
TP53	248	R	Q	50
TP53	273	R	C	50
输出

常见问题
  • 1,如何作图?
  • 1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整;3,将excel调整后的数据(格式与示例一致)粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
  • 2,为什么不出图?
  • 程序对输入格式有严格要求。请务必仔细查看右侧说明及示例数据。常见错误包括:非制表符分割,数据列数不对,没有带title等
  • 3,导出图片?
  • 低分辨率:QQ截图,日常使用
    矢量图:在生成的图上点击鼠标右键,在弹出的窗口中选择另存为(直接是svg格式文件,文件后缀不用改)。推荐使用chrome浏览器导出图片
  • 4,编辑图片,以满足杂志需求?
  • 默认Arial字体,下载Inkscape软件(最兼容,推荐,inkscape常用技巧),打开另存的svg文件,修改布局,文字等后,导出pdf或其他格式图片
  • 5,如何引用,how to cite?
  • 本站主要以matplotlib和各种R包绘图,由于本站内容未公开发表paper,如需引用,可使用如下格式:
    Heatmap was plotted by http://www.bioinformatics.com.cn, an online platform for data analysis and visualization.