同心圆网络图
简介
使用同心圆展示蛋白-蛋白相互作用网络。节点表示蛋白,节点间的连线表示相互作用。若选择按层配色,则每层的颜色是一样的,不同层颜色不一样;若选择按照degree配色,则根据节点的连线数进行渐变配色。
数据说明
输入数据包括2个:1)连线信息(edge),包括2列:起始节点,靶向节点。2)node属性,包括两列:edge中的所有节点,节点的类别或者层级。按照类别分层。可以绘制一个圆,两个圆,三个圆。例如mRNA-miRNA-circRNA网络,PPI网络等
论文例子
Cellular and Molecular Network Characteristics of TARM1-Related Genes in Mycobacterium tuberculosis Infections. Fig6
如何引用?
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(google学术),10000+篇
(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on May 4, 2026), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.