关系弦图
简介
关系弦图通过绘制节点和节点间的互作,展示两类实体的从属或者靶向关系。图中左侧黑色名字表示不同的表型,右侧红色名字表示不同的基因。展示了10个表型和37个HF易感基因间的关系。每条带连接一个位点和一个表型,表示在该位点上,检测表型与HF之间共享因果遗传变异(共定位),小圆圈里边的数字表示与该实体相关的其他类别实体的个数。也可以用来绘制GO的term和基因的从属关系,不同细胞类型的marker基因等。
数据说明
输入数据包括2个。1)连线信息,包括2列:起始节点(表型),靶向节点(基因)。2)起始节点的分组信息:起始节点(表型),分组信息(根据分组上色)。例如都属于BP的富集term画一起,使用相同颜色,都属于CC的富集term画一起,使用相同颜色;或者都是T细胞的画一起,使用相同颜色
论文例子
[Nature Genetics] Genome-wide association study meta-analysis provides insights into the etiology of heart failure and its subtypes. Fig 5a
如何引用?
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(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on May 4, 2026), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.