用前必读
1,使用输入检查工具(windows版)检查输入数据
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后拷贝、粘贴到输入框
3,请勿使用特殊符号,例如#,<,>,%,(,),非英文字符等。默认仅支持英文字符(部分模块除外)
4,使用SVG编辑器或AI,inkscape修改文字、字体,图例,处理截断等,参考inkscape实操
5,生信分析项目合作请加管理员微信(页面右下)

人工客服  基因名转换  FC,P转换  常用配色  影响因子 新需求及bug提交  pdf转图片

必需输入(计算量较大,请勿大量提交)
数据1(例如lncRNA表达值,一般10个以下):


数据2(例如mRNA表达值,一般100个以下):


数据转化


相关系数


默认不对数据进行过滤,可以下载结果后自行过滤

lncRNA-mRNA共表达分析教程

此分析将消耗 4 微币

lncRNA-mRNA共表达分析

简介
一般认为具有相同表达模式的基因,可能共同发挥作用。lncRNA和mRNA的表达值,计算lncRNA和mRNA的表达pearson或者spearman相关系数。例如:相关系数>0.9,p<0.05(阈值请参考paper)则正相关,若相关系数<-0.9,p<0.05则负相关。
输入数据
输入为表达矩阵形式。第一行为样品名,剩余行为每个基因的表达值。例如芯片的标准化intensities;RNA-seq的FPKM、TPM、normalized counts等(最好加1,取log2进行数据转化后再计算)。
输出
pearson/spearman相关系数,可以根据相关系数值和p值过滤后,绘制共表达网络图。
示例 示例数据
输出 相关系数及p值

1)如何作图?
1,数据放在excel里边,2,根据示例的行或者列,调整为示例样式;3,将调整后的数据拷贝粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
1,输入检查工具初步检查输入,根据提示修正;2,观看输入框上面的B站视频介绍;3,并仔细阅读右侧说明,示例数据;4,提交人工客服处理
3)如何引用?
建议直接写网址。3400+篇google学术,2700+篇知网学术
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 20 May 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.
4)交流群/公众号