用前必读
1,使用输入检查工具检查输入数据,默认仅支持英文字符(部分模块除外)
2,使用excel存储并调整数据(wps不行),然后再粘贴到输入框
3,使用SVG图片编辑器修改文字、字体,图例位置,处理文字截断等,参考inkscape实操
4,生信分析项目合作
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必需输入(计算量较大,请勿大量提交)
数据1(例如lncRNA表达值,一般10个以下):


数据2(例如mRNA表达值,一般100个以下):


数据转化


相关系数


默认不对数据进行过滤,可以下载结果后自行过滤

lncRNA-mRNA共表达分析教程

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lncRNA-mRNA共表达分析

简介
一般认为具有相同表达模式的基因,可能共同发挥作用。lncRNA和mRNA的表达值,计算lncRNA和mRNA的表达pearson或者spearman相关系数。例如:相关系数>0.9,p<0.05(阈值请参考paper)则正相关,若相关系数<-0.9,p<0.05则负相关。
输入数据
输入为表达矩阵形式。第一行为样品名,剩余行为每个基因的表达值。例如芯片的标准化intensities;RNA-seq的FPKM、TPM、normalized counts等(最好加1,取log2进行数据转化后再计算)。
输出
pearson/spearman相关系数,可以根据相关系数值和p值过滤后,绘制共表达网络图。
示例 示例数据
输出 相关系数及p值

1)如何作图?
1,准备作图数据;2,用excel打开数据,调整为示例格式;3,将调整后的数据粘贴到输入框;4,选择参数;5,提交出图
2)为什么不出图?
对输入数据格式有严格要求。请观看输入框上面的视频介绍,并仔细阅读右侧说明,示例数据。
3)如何引用?
1500+篇google学术,1000+篇知网学术引用
请使用原生R包,Python包进行引用,或使用如下格式(推荐直接写网址)
Method: Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Jul 2023), an online platform for data analysis and visualization.
Acknowledgement: We thank Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd. (https://www.bioinformatics.com.cn, last accessed on 10 Jul 2023) for providing data analysis and visualization support.