主成分分析(PCA)凸包图,适用于组内三重复
简介
主成分分析(Principal component analysis,PCA)利用正交变换对一系列可能相关的变量的观测值进行线性变换,从而投影为一系列线性不相关变量的值,这些不相关变量称为主成分(Principal Components)。PCA是最简单的以特征量分析多元统计分布的方法。通常情况下,这种运算可以被看作是揭露数据的内部结构,从而更好的解释数据的变量的方法。
部分R包不能绘制组内有2个样品或者3个样品的椭圆,同时如果组内3个样品基本呈现在一条线上时,强制添加椭圆时,椭圆会非常扁,不美观。因此,本模块将这些样品点连起来,然后使用多边形将组内所有点包裹在内,形成凸包边界,以此替代椭圆来直观区分不同组。
数据说明
行为特征(例如基因,蛋白,代谢物等),列为样品。第一行为样品名,第二行为组名,第3+行为特征。图中X轴是第一,Y轴是第二主成分(即潜在变量对差异的解释率);点代表样品(individuals),不同颜色表示不同分组。
该包默认对数据进行scale转化。
论文例子
[Cell Metabolism] Iron-addicted colorectal cancers exploit heme-complex II axis to resist oxidative cell death. Fig4A
如何引用?
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(知网)论文
正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y.
SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on May 4, 2026), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.