用前必读
1,使用excel存储并调整数据,不要有空的单元格
2,先用输入框下方的“输入检查”按钮检查输入,通过后再作图
3,表头请勿使用#,<,>,%,(,)等特殊符号。默认仅支持英文字符
4,出图后用inkscape或acrobat illustrator修改pdf文字、字体,图例,处理截断
5,生信项目合作,提交bug、发文引用换积分,请加管理员微信(页面右下)

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必需输入  染色体密度热图和标记
注:仅支持hg38基因组
密度数据

可选输入
Marker数据(最多支持6种type)


热图颜色
低颜色: ;中颜色: ;高颜色:

Marker1形状和颜色(从上到下出现顺序)
颜色:

Marker2形状和颜色(从上到下出现顺序)
颜色:

Marker3形状和颜色(从上到下出现顺序)
颜色:

Marker4形状和颜色(从上到下出现顺序)
颜色:

Marker5形状和颜色(从上到下出现顺序)
颜色:

Marker6形状和颜色(从上到下出现顺序)
颜色:

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human hg38染色体密度+Marker标记图

简介
根据染色体数据绘制染色体骨架,然后将密度信息以热图形式叠加上去,同时可以在右侧叠加marker信息,不同类别用不同的形状表示。调用 RIdeogram 包
数据说明
热图数据:输入为4列。第一列是染色体编号(1-22,X,Y),第二列是start坐标,第三列是end坐标,第四列是数值(例如read count,基因数,SNP数等)。
Marker数据:输入为4列。第一列是染色体编号(1-22,X,Y),第二列是start坐标,第三列是end坐标,第四列是类别信息(最多支持6类)。
注:该图四周空白较多,后期可以使用inkscape编辑下
论文例子
Optical genome mapping uncovers clinically relevant structural variants in congenital heart disease with heterotaxy. Fig 2D
输入 示例数据
输出

如何引用?

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正式引用:Tang D, Chen M, Huang X, Zhang G, Zeng L, Zhang G, Wu S, Wang Y. SRplot: A free online platform for data visualization and graphing. PLoS One. 2023 Nov 9;18(11):e0294236. doi: 10.1371/journal.pone.0294236. PMID: 37943830.
方法章节:Heatmap was plotted by https://www.bioinformatics.com.cn (last accessed on 10 Dec 2024), an online platform for data analysis and visualization.
致谢章节:We thank Mingjie Chen (Shanghai NewCore Biotechnology Co., Ltd.) for providing data analysis and visualization support.