JAFFA -- 专注于转录组的高敏感性融合基因检测


基因组不稳定性是癌症的一个标志,因此,结构改变和融合基因是癌症中的常见事件。RNA-Seq是描述癌症表达谱的一种强大方法,但是当前鉴定融合基因的方法是为短reads优化的。

JAFFA是一个敏感的融合检测方法,它在100 bp及以上reads中胜过其他方法。JAFFA比较癌症转录组和参考转录组,而非基因组,直接使用长reads或从头装配短reads推断癌症转录组。

下载:https://github.com/Oshlack/JAFFA/wiki
参考:JAFFA: High sensitivity transcriptome-focused fusion gene detection

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