EricScript -- 发现双端RNA-seq数据中的融合(嵌合)转录本

新基因融合的发现使得能够更好地理解癌症发生和发展。RNA-seq为鉴定这类基因组改变提供了机会,已经在黑素瘤、乳腺癌和淋巴瘤中发现了新的嵌合转录本。
现今,开发了一些嵌合转录本检测方法,虽然都显示了良好的敏感性,但是仍然需要做许多工作以减少假阳性。

EricScript(chimEric tranScript)进行双端RNA-seq数据中基因融合产物的鉴定。


在模拟数据上证明EricScript能够获得比现有方法更高的敏感性和特异性,且运行时间显著更短。并演示了在公开RNA-seq肿瘤数据集上重新发现已知基因融合中的能力。

下载:https://sourceforge.net/projects/ericscript/files/
参考:Discovering chimeric transcripts in paired-end RNA-seq data by using EricScript

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